2012年11月，在北京市海淀區愛國衛生運動委員會下發的《關于表彰愛國衛生先進單位、先進個人的通報》中，中國科學院軟件研究所作為5個獲獎單位之一被北京市愛衛會授予愛國衛生運動60周年“北京市愛國衛生先進集體”稱號。

由于在愛國衛生各項工作中成績突出，軟件所同時獲得2012年度“海淀區愛國衛生先進單位”。

北京市愛國衛生先進集體榮譽證書

海淀區愛國衛生先進單位榮譽證書