總體部 

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　　軟件基礎研究部 

　　    ——計算機科學國家重點實驗室 

　　              ——量子軟件研究室

　　    ——并行軟件與計算科學實驗室 

　　    ——可信計算與信息保障實驗室 

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　　軟件高技術研究部 

　　    ——基礎軟件國家工程研究中心 

　　    ——中文信息處理實驗室

　　    ——軟件工程技術研究開發中心 

　　    ——人機交互技術與智能信息處理實驗室 

　　    ——互聯網軟件技術實驗室 

　　    ——智能軟件研究中心

　　    ——時空數據管理與數據科學研究中心

　　    ——基礎軟件測評實驗室

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　　軟件應用研究部 

　　    ——天基綜合信息系統重點實驗室

　　    ——智能博弈重點實驗室

　　    ——衛星導航應用國家工程中心分中心 

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　　軟件發展研究部