軟件所已和世界上40多個國家與地區建立密切的學術聯系及多種形式的技術合作關系，平均每年邀請和接待國外學術界、企業界人士數百人次。圖靈獎獲得者Amir Pnueli、Tony Hoare、姚期智等國際著名科學家都曾到軟件所訪問講學。

軟件所與國際學術團體合作，主辦了多種重要國際學術會議。如，面向對象語言與系統技術國際會議、國際信息與通信安全國際會議、首屆亞太區萬維網技術與應用國際會議、亞洲邏輯和軟件工程國際會議、亞洲邏輯會議、APCHI亞太人機界面會議等，為增加國際間學術交流、人才培養、提高研究水平做出了貢獻。

隨著國際經濟一體化進程的迅速發展與軟件所整體水平的國際認可，軟件所與一些國際著名大學、研究機構和公司建立了合作關系。